Pneumokokové infekcie sa v zásade liečia antibiotikami. Pri liečbe je však nutné zohľadniť dva faktory:

1) Závažné pneumokokové infekcie môžu mať ťažký priebeh. Už v priebehu 24 až 48 hodín je o osude pacientov častokrát rozhodnuté. Liečba antibiotikami prichádza v mnohých prípadoch neskoro.

2) Rezistencia na antibiotiká:
Kmeňov pneumokokov necitlivých (rezistentných) voči antibiotikám pribúda. Na celom svete sa množia správy o zvyšujúcej sa rezistencii pneumokokov, obzvlášť voči penicilínu. V niektorých štátoch Európy je rezistencia zvlášť vysoká (napr. v Španielsku).

Príčina tohto javu spočíva v celosvetovo rozšírenom, často necielenom podávaní antibiotík, čo vedie k tomu, že infekciu vyvolávajúce organizmy vďaka skúsenosti s antibiotikami si na ne "zvyknú" a prakticky tieto liečivá prestanú účinkovať.